Istana Negara dibangun tahun 1796 untuk kediaman pribadi seorang warga negara Belanda J.A van Braam. Pada tahun 1816 bangunan ini diambil alih oleh pemerintah Hindia Belanda dan digunakan sebagai pusat kegiatan pemerintahan serta kediaman para Gubernur Jendral Belanda. Karenanya pada masa itu istana ini disebut juga sebagai Hotel Gubernur Jendral.
Pada mulanya bangunan yang berarsitektur gaya Yunani kuno itu bertingkat dua, namun pada tahun 1848 bagian atasnya dibongkar, dan bagian depan lantai bawah dibuat lebih besar untuk memberi kesan lebih resmi. Bentuk bangunan hasil perubahan 1848 inilah yang bertahan sampai sekarang, tanpa perubahan yang berarti. Luas bangunan ini lebih kurang 3.375 meter persegi.
Sesuai dengan fungsi istana ini, pajangan serta hiasannya cenderung memberi suasana sangat resmi. Bahkan kharismatik. Ada dua buah cermin besar peninggalan pemerintah Belanda, disamping hiasan dinding karya pelukis - pelukis besar, seperti Basoeki Abdoellah.
Banyak peristiwa penting yang terjadi di Istana Negara. Diantaranya ialah ketika Jendral de Kock menguraikan rencananya kepada Gubernur Jendral Baron van der Capellen untuk menindas pemberontakan Pangeran Diponegoro dan merumuskan strateginya dalam menghadapi Tuanku Imam Bonjol. Juga saat Gubernur Jendral Johannes van de Bosch menetapkan sistem tanam paksa atau cultuur stelsel. Setelah kemerdekaan, tanggal 25 Maret 1947, di gedung ini terjadi penandatanganan naskah persetujuan Linggarjati. Pihak Indonesia diwakili oleh Sutan Sjahrir dan pihak Belanda oleh Dr. Van Mook.
Istana Negara berfungsi sebagai pusat kegiatan pemerintahan negara, diantaranya menjadi tempat penyelenggaraan acara - acara yang bersifat kenegaraan, seperti pelantikan pejabat - pejabat tinggi negara, pembukaan musyawarah, dan rapat kerja nasional, pembukaan kongres bersifat nasional dan internasioal, dan tempat jamuan kenegaraan.
Sejak masa pemerintahan Belanda dan Jepang sampai masa pemerintahan Republik Indonesia, sudah lebih kurang 20 kepala pemerintahan dan kepala negara yang menggunakan Istana Negara sebagai kediaman resmi dan pusat kegiatan pemerintahan Negara.
2. Istana Merdeka
Istana Merdeka mulai dibangun pada tahun 1873 pada masa pemerintahan Gubernur Jendral Louden dan selesai pada tahun 1879 pada masa pemerintahan Gubernur Jendral Johan Willem van Landsbarge. Bangunan ini berdiri di atas tanah seluas 2.400 meter persegi, oleh arsitek Drossares. Istana Negara juga dikenal dengan nama Istana Gambir.
Pada masa awal pemerintahan Republik Indonesia, istana ini menjadi saksi sejarah dilakukannya penandatanganan naskah pengakuan kedaulatan Republik Indonesia Serikat oleh Pemerintah Belanda pada tanggal 27 Desember 1949. Republik Indonesia Serikat diwakili oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX, sedangkan Kerajaan Belanda diwakili oleh A.H.J Lovink, Wakil Tinggi Mahkota di Indonesia.
Setelah penandatanganan naskah kedaulatan Republik Indonesia Serikat, bendera merah putih dikibarkan menggantikan bendera Belanda, bersamaan dengan dinyanyikannya lagu Indonesia Raya dan pekik merdeka oleh bangsa Indonesia. Sejak saat itu nama Istana Gambir diganti menjadi Istana Merdeka.
3. Istana Bogor
Berawal dari keinginan orang - orang Belanda yang bekerja di Batavia ( kini Jakarta ) untuk mencari tempat peristirahatan. Karena mereka beranggapan bahwa kota Batavia terlalu panas dan ramai, sehingga mereka perlu mencari tempat - tempat yang berhawa sejuk di luar kota Batavia.
Gubernur Jendral Belanda bernama G.W. Baron van Imhoff, ikut melakukan pencarian itu dan berhasil menemukan sebuah tempat yang baik dan strategis di sebuah kampung yang bernama Kampong Baroe, pada tanggal 10 Agustus 1744.
Setahun kemudian, yaitu pada tahun 1745 Gubernur Jendral van Imhoff ( 1745 - 1750 ) memerintahkan pembangunan atas tempat pilihannya itu sebuah pesanggrahan yang diberi nama Buitenzorg, ( artinya bebas masalah / kesulitan ). Dia sendiri yang membuat sketsa bangunannya dengan mencontoh arsitektur Blenheim Palace, kediaman Duke of Malborough, dekat kota Oxford di Inggris. Proses pembangunan gedung itu dilanjutkan oleh Gubernur Jendral yang memerintah selanjutnya yaitu Gubernur Jendral Jacob Mossel yang masa dinasnya 1750 - 1761
Dalam perjalanan sejarahnya, bangunan ini sempat mengalami rusak berat sebagai akibat serangan rakyat Banten yang anti Kompeni, di bawah pimpinan Kiai Tapa dan Ratu Bagus Buang, yang disebut Perang Banten 1750 - 1754.
Pada masa Gubernur Jendral Willem Daendels ( 1808 - 1811 ), pesanggrahan tersebut diperluas dengan memberikan penambahan baik ke sebelah kiri gedung maupun sebelah kanannya. Gedung induknya dijadikan dua tingkat. Halamannya yang luas juga dipercantik dengan mendatangkan enam pasang rusa tutul dari perbatasan India dan Nepal.
Kemudian pada masa pemerintahan Gubernur Jendal Baron van der Capellen ( 1817 - 1826 ), dilakukan perubahan besar - besaran. Sebuah menara di tengah - tengah gedung induk didirikan sehingga istana semakin megah, Sedangkan lahan di sekeliling istana dijadikan Kebun Raya yang peresmiannya dilakukan pada tanggal 18 Mei 1817. Gedung ini kembali mengalami kerusakan berat, ketika terjadi gempa bumi yang pada tanggal 10 oktober 1834.
Pada masa pemerintahan Gubernur Jendral Albertus Yacob Duijmayer van Twist ( 1851 - 1856 ), bangunan lama sisa gempa dirubuhkan sama sekali. Kemudian dengan mengambil arsitektur eropa Abad IX, bangunan baru satu tingkat didirikan. Perubahan lainnya adalah dengan menambah dua buah jembatan penghubung Gedung Induk dan Gedung Sayap Kanan serta Sayap Kiri yang dibuat dari kayu berbentuk lengkung. Bangunan istana baru terwujud secara utuh pada masa kekuasaan Gubernur Jendral Charles Ferdinand Pahud de Montager ( 1856 - 1861 ). Dan pada pemerintahan, selanjutnya tepatnya tahun 1870, Istana Buitenzorg ditetapkan sebagai kediaman resmi para Gubernur Jendral Belanda.
Akhir perang dunia II, Jepang menyerah kepada tentara Sekutu, kemudian Indonesia menyatakan kemerdekaannya. Barisan Keamanan Rakyat ( BKR ) sempat menduduki Istana Buitenzorg untuk mengibarkan bendera merah putih. Istana Buitenzourg yang namanya kini menjadi Istana Kepresidenan Bogor diserahkan kembali kepada pemerintah republik ini pada akhir tahun 1949. Setelah masa kemerdekaan , Istana Kepresidenan Bogor mulai dipakai oleh pemerintah Indonesia pada bulan Januari 1950.
Kepustakaan dan Benda Seni
Istana Kepresidenan Bogor mempunyai koleksi buku sebanyak 3.205 buah yang daftarnya tersedia di kepustakaan istana. Istana ini menyimpan banyak benda seni, baik yang berupa lukisan, patung, serta keramik dan benda seni lainnya. Hingga kini lukisan yang terdapat di istana ini adalah 448 buah, dimana judul/nama lukisan itu, pelukisnya, tahun dilukisnya, tersedia dalam bentuk daftar sehingga memudahkan siapa saja yang ingin memperoleh informasi tentang lukisan tersebut. Begitu pula halnya dengan patung dengan aneka bahan bakunya. Di istana ini terdapat patung sebanyak 216 buah.
Di samping lukisan dan patung, Istana Bogor juga mengoleksi keramik sebanyak 196 buah. Semua itu tersimpan di museum istana, di samping yang dipakai sebagai pemajang di setiap ruang/bangunan istana.